Turizmle öne çıkan ve adını duyuran Nevşehir’in en eski adının kaynaklara göre Nyssa olduğu öne sürülmektedir. Ancak Nyssa’nın yerinin bugünkü Nevşehir’e mi yoksa Nar’a mı olduğu tam olarak açıklığa kavuşmuş değildir
Turizmle öne çıkan ve adını duyuran Nevşehir’in en eski adının kaynaklara göre Nyssa olduğu öne sürülmektedir. Ancak Nyssa’nın yerinin bugünkü Nevşehir’e mi yoksa Nar’a mı olduğu tam olarak açıklığa kavuşmuş değildir.
Bölge Osmanlının hâkimiyetinde iken Nevşehir’in bulunduğu yerde Muşkara köyü mevcuttu. Muşkara, XVIII. yüzyılın başlarında “yeni kurulan şehir” anlamına gelen Nevşehir adını aldı. Bu adla birlikte Osmanlı yazışmalarında da zaman zaman Nevşehr-i Dilârâ ismiyle de anılmıştır.
Nevşehir milattan önce ve sonrasında çeşitli kavimlerin etkisinde kaldı, idarelerine girdi, akınlarına maruz kaldı. Bu kavimler ve medeniyetlerden bazıları: Hititler, Kimmer, İskitler, Asurlular, Persler, Kapadokya Krallığı, Romalılar, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı.
Bizans döneminde VI-IX. yüzyıllar arasında yumuşak kayalar oyularak yer altı şehirleri oluşturdu, halk için bu mekânlar sığınak yeri haline getirildi. Hıristiyanlığın etkisinden sonra İslâmiyet’in yayılmaya başlamasıyla Müslümanlar için bir uç bölgesi oldu.
Bölge Malazgirt Savaşı’ndan sonra Selçukluların idaresine geçti. Daha sonra Moğol-İlhanlı nüfuzu altına girdi. 1317’de Timurtaş’ın yönetimine bırakıldı. Timurtaş yönetiminden sonra Eretnalılar, Karamanoğulları daha sonra da Kadı Burhâneddin’in idaresine girdi. Nevşehir bölgesi, XIV. yüzyılın sonlarına doğru Kadı Burhâneddin ve Karamanoğulları ile Osmanlılar arasındaki mücadelelerine sahne oldu.
Nevşehir bölgesi 1402 de Timur tarafından Karamanoğulları’na verildi. Timur’un Anadolu’dan dolaysısıyla da bölgeden bazı aşiret gruplarıyla çekildi. Çekilme sonrasında da bölgeye Dulkadırlı Türkmenleri yerleşti.
Fâtih Sultan Mehmed döneminde bu topraklar Osmanlılara intikal etti. Bölgenin bir kısmında Yavuz Sultan Selim devrinin de izleri oldu.
Muşkara köyü Osmanlı idarîsinde Niğde sancağının Ürgüp kazasına bağlıydı.1518 de idarî bakımdan Ürgüp kazasının Uçhisar nahiyesinin köyleri arasında yer aldı. Tarihi kaynaklara göre o yıllarda Uçhisar nahiyesinin toplam on altı köyü vardı.
Bölgede Türkçe konuşan Ortodoks Hıristiyanların varlığı, 1071 Malazgirt Savaşı’ndan önceki dönemlerde bu topraklara gelen, dinî bakımdan Hıristiyan olmalarından dolayı ve Türklerin varlığından kaynaklandığı belirtilir.
Nevşehir bölgesi Celâlî hareketlerinden de etkilendi ve nüfus da azalma oldu. XVII. yüzyıl ortalarındaki nüfusu 500 civarında bulunduğu tahmin edilmektedir.
Nevşehir kalesi kesin olmamakla birlikte Selçuklu devrinde yapıldığı belirtilmektedir. Muşkara kalesi o dönemde bölgenin güvenlik ve asayişine yönelik olarak yapılmıştı denilebilir.
Muşkara köyünün gelişmesi, kasaba durumuna gelmesi ve gelişmesi Damad İbrahim Paşa’nın sadrazamlığı döneminde (1718-1730) oldu.
Nevşehirli Damad İbrahim Paşa 1690’a doğru İstanbul’a gelmesi ve Osmanlı sarayına girmesiyle kendi köyü ile alakasını kesmemiş, bağlarını koparmamıştı.
Nevşehir’in bulunduğu coğrafi konumu ise gelişmeye oldukça uygundu. Aksaray, Niğde ve Kayseri şehirlerini birbirine bağlayan yolların kesiştiği yerde bulunan Muşkara’nın buralardan gelip giden kervanların da uğrak yeriydi.
III. Ahmed Damadı İbrahim Paşa’ya bir hatt-ı hümâyun ile Muşkara köyünü hibe etti. Bu fermanın ardından Damat İbrahim Paşa köyde yoğun olarak bir imar faaliyeti başlattı. Bu faaliyetlerin sonucunda Muşkara köyü şehre dönüştü. Bu dönemde; cami, medrese, sıbyan mektebi, han, hamam, imaret, çeşme, dükkânlar, vakıf ve yöneticiler için binalar yapıldı. Bu binaların taş ve mermerleri bölgeden ve şehir dışından getirildi.
Yapılan binalara devrin ünlü şairlerinden Nedîm, Seyyid Vehbî, Dürrî ve Âsım’a kitâbeler yazdırıldı. Bu dönemde kale tamir edildi, sur yaptırıldı.
Muşkara köyü artık bir şehir halini almıştı. 1725 yılında Padişah Sultan III. Ahmed’in fermanıyla Nevşehir adı verildi.